面肌萎缩是指已发育正常的实质细胞、组织或器官的体积缩小，重量减轻，功能低下。萎缩细胞的蛋白质合成减少而分解增多，以适应其营养水平低下的生存环境。面肌萎缩属于去神经萎缩(面神经对面部肌肉的代谢有调节作用。当神经干受到损伤后,相应的组织由于失去神经的调节作用可发生萎缩。
废用性萎缩(面部肌肉长期不能活动时,神经感受器缺乏向心性刺激,因而离心性冲动也就减少,致使该处的血液供应和物质代谢逐渐降低而发生萎缩)，去处病因后萎缩的细胞能恢复常态。萎缩细胞胞浆内的细胞器大量退化，自噬小体增多，因而可有大量未能被溶酶体酶降解、富含磷脂的残体（即脂褐素）积聚。
这也就是面肌萎缩较重的患者为什么面部色泽灰暗或呈褐色的缘故。
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